УСН

Посмотрите, скорее всего, в онлайн-сервисе где-то в другом месте, не в поле для указания налога, есть галочка или пометочка "без НДС" или указание налогового режима (УСН, патент, ЕНВД) с последующей расшифровкой "Получатель применяет упрощенную систему налогообложения и не облагает свою вырочку НДС" или что-то в этом роде. Ну в крайнем-крайнем случае поставите, конечно, 0%, но это с точки зрения налогового законодательства ошибка.

Нет такого вида расходов в перечне в статье 346.16 НК, этот перечень закрытый, трактовать произвольно его нельзя.

Не совсем поняла, на основании чего так сделал налоговый орган. УСН - не вмененка и не патент, УСН применяется не к какому-то конкретному виду деятельности организации или предпринимателя, а к деятельности организации или предпринимателя в целом. УСН в целом заменяет общую систему налогообложения (для ИП с начислением и уплатой НДФЛ и НДС). Это прямо подтверждается пунктом 3 статьи 346.11 НК РФ:

В соответствии с пунктом 4 статьи 346.13 НК в расчет принимается только оборот по упрощенной системе (еще по упрощенной системе + патент, но это не Ваш случай).

По упрощенной системе как доход 2014 года. Дело в том, что при упрощенной системе действует так называемое правило кассового метода - неважно, когда деньги причитались к получению или были начислены, важно, когда они фактически получены. Ну а на ЕНВД, понятно, вообще никакие доходы не играют роли.